1、鎮吐：藥理實驗證明，藿香正氣水有鎮吐作用。

2、鎮痛：藿香正氣水對醋酸刺激性疼痛反應（扭體法）有明顯鎮痛作用。

3、解痙：藿香正氣丸（水）對兔離體十二指腸有明顯的抑制作用，并能對抗擬膽堿藥所引起的腸痙攣；對擬膽堿藥引起的狗及兔在體腸痙攣有明顯的抑制作用。能對抗水楊酸毒扁豆堿引起的腸痙攣，其效果與阿托品對腸痙攣的作用相似。對離體腸平滑肌的自發活動有抑制作用，又能對抗氯化鋇引起的腸痙攣，故對腸管平滑肌尚有直接抑制作用。藿香正氣水對離體豚鼠、兔十二指腸的自動收縮及對組胺、乙酰膽堿、氯化鋇所致的回腸收縮均有良好的解痙作用，并可對抗垂體后葉素引起的小鼠子宮收縮。

4、增強細胞免疫功能：用硫酸鎂致腹瀉的小鼠，經用藿香正氣丸治療，其外周血淋巴細胞滲入3H-TdR（氚標的胸腺嘧啶核苷）指數增高，而對照組比正常組（不致瀉）低，給藥組則接近正常組水平。揭示藿香正氣丸能提高小鼠免疫功能，并能促進受損傷的腸段修復。

5、抗菌：藿香正氣水對藤黃八疊球菌等8種細菌均有抗菌作用，尤其對藤黃八疊球菌、金黃色葡萄球菌作用較強。并對甲、乙型副傷寒桿菌、紅色毛癬菌、石膏樣毛癬菌、絮狀光皮癬菌、大腦狀毛癬菌、石膏樣小胞子菌、白色念珠菌、新生隱球菌及皮尖芽生菌均有較強的抑制作用。