東南眼科醫院成立于2001年6月6日，是三級眼科專科醫院（分為臺江和倉山兩個院區），福州市醫學會眼科學分會主任委員單位，福建省眼鏡協會會長單位，福建衛生職業技術學院教學醫院，與閩江學院開展校企合作共同建設物聯網醫院，上海交大九院眼專科聯盟成員單位，福州市第一醫院醫療聯合體副理事長單位。

至2022年12月31日，醫院共為519萬名眼病患者提供專業的診療服務，完成各類眼病手術45.87萬臺。醫院義診醫療隊共深入農村、社區、學校開展公益義診篩查11763場次，為299.87萬名群眾、學生公益檢查眼病，幫助49035名困難白內障、胬肉患者實施復明扶貧手術。幫助困難眼病患者重見光明，重返自食其力的生活，回歸和諧社會的大家庭，取得良好社會效果。

醫院設有白內障、近視眼、青光眼、角膜病、眼底病、眼外傷、神經眼科、眼眶病、淚器病、斜弱視、小兒眼科、醫學驗光配鏡、中醫眼科、干眼癥、低視力、眼預防保健、眼部整形等20多個專業組，與國際同步開展各種眼科前沿技術和微創治療。其中，三焦點屈光白內障、三焦點老視矯正、全飛秒激光矯正近視、微小切口超聲乳化治療白內障、微創玻璃體切割手術治療眼外傷和玻璃體視網膜病、眼視光學醫學驗光配鏡等多項技術處于眼科領域前沿。

醫院形成老中青相結合的梯隊型眼科專業人才隊伍，現有員工500多人，其中眼科專家和眼科醫師共125位（高級職稱占41%）。并定期邀請國內外眼科專家來院講學、會診、學術研討。

醫院環境優雅、設施完備、裝備精良、專業齊全、技術先進，是集眼科臨床、教學、科研、防盲和科普為一體的大型眼科專科醫院。醫院占地面積50畝，醫療建筑面積近5萬平方米，設置床位300張，配備15間層流凈化手術室，300多個停車泊位。

近幾年，醫院將三級眼科的優質技術資源延伸到基層，成立眼健康促進聯盟；在全國各地開設分院，讓廣大群眾在家門口享受到精準、優質、便捷、個性化的眼科專業診療服務。