新中國成立后，我國的商標注冊工作先后由中央私營企業局和中央工商行政管理局主管。1978年國家恢復工商行政管理機關后，內設商標局，主管全國商標注冊和管理工作。2018年3月，中共中央印發《深化黨和國家機構改革方案》，將國家知識產權局的職責、國家工商行政管理總局的商標管理職責、國家質量監督檢驗檢疫總局的原產地地理標志管理職責整合，重新組建國家知識產權局，由國家市場監督管理總局管理。

2018年11月15日《中央編辦關于國家知識產權局所屬事業單位機構編制的批復》（中央編辦復字〔2018〕114號）規定，將原國家工商行政管理總局商標局、商標評審委、商標審查協作中心整合為國家知識產權局商標局，是國家知識產權局所屬事業單位。

2019年3月26日《國家知識產權局關于印發<商標局職能配置、內設機構和人員編制規定>的通知》（國知發人字〔2019〕19號）規定，商標局主要職責為：承擔商標審查注冊、行政裁決等具體工作；參與商標法及其實施條例、規章、規范性文件的研究制定；參與規范商標注冊行為；參與商標領域政策研究；參與商標信息化建設、商標信息研究分析和傳播利用工作；承擔對商標審查協作單位的業務指導工作；組織商標審查隊伍的教育和培訓；完成國家知識產權局交辦的其他事項。

商標局下設綜合處、財務處、行政處、法律處、應訴復議處、宣傳與對外交流處、人事教育處、黨委（紀委）辦公室、駐中關村國家自主創新示范區辦事處、申請業務管理處、申請受理事務一至二處、審查管理一至二處、審查一至五處、審查事務管理處、審查事務一至五處、國際注冊一至三處、異議形式審查處、異議審查一至八處、評審案件受理處、評審一至九處、評審事務處、文檔事務處、數據信息管理處、信息化項目管理處、信息化運行管理處52個職能處，編制405人。